home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00761 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  41 lines
  1. ******************************************************
  2. * Clathrin adaptor complexes medium chain signatures *
  3. ******************************************************
  4.  
  5. Clathrin coated  vesicles (CCV) mediate intracellular membrane traffic such as
  6. receptor mediated  endocytosis.  In addition to clathrin, the CCV are composed
  7. of a number of other components including oligomeric complexes which are known
  8. as adaptor  or  clathrin  assembly  proteins  (AP)  complexes [1]. The adaptor
  9. complexes are  believed  to  interact  with  the cytoplasmic tails of membrane
  10. proteins, leading to their selection and concentration. In mammals two type of
  11. adaptor complexes  are  known: AP-1 which is associated with the Golgi complex
  12. and AP-2  which is associated with the plasma membrane. Both AP-1 and AP-2 are
  13. heterotetramers that  consist  of two large chains - the adaptins - (gamma and
  14. beta' in  AP-1; alpha and beta in AP-2); a medium chain (AP47 in AP-1; AP50 in
  15. AP-2) and a small chain (AP19 in AP-1; AP17 in AP-2).
  16.  
  17. The medium chains  of AP-1 and AP-2 are evolutionary related proteins of about
  18. 50 Kd.  Homologs  of  AP47  and  AP50  have  also been found in Caenorhabditis
  19. elegans (genes ap50 and unc-101) [2] and yeast (gene APM2 or YAP54) [3].
  20.  
  21. As signature  patterns, we  selected  two  highly  conserved  regions from the
  22. central section of these proteins.
  23.  
  24. -Consensus pattern: N-F-V-[LIV]-I-Y-E-L-L-D-E
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27.  
  28. -Consensus pattern: [ED]-D-x(2)-F-H-Q-C-V-[KR]-L-[ST]-[KR]-F-[DE]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Last update: June 1994 / First entry.
  33.  
  34. [ 1] Pearse B.M., Robinson M.S.
  35.      Ann. Rev. Cell Biol. 6:151-171(1990).
  36. [ 2] Lee J., Jongeward G.D., Sternberg P.W.
  37.      Genes Dev. 8:60-73(1994).
  38. [ 3] Nakayama Y., Goebl M., O'Brine G.B., Lemmon S., Pingchang C.E.,
  39.      Kirchhausen T.
  40.      Eur. J. Biochem. 202:569-574(1991).
  41.